Schwabsoien wurde früher bezeichnet mit Sewen, Soya, Soyen, Soien (oder Seo, Seon, Seun = bei den Seen). Die Bezeichnung des Ortes leitet sich ab von Seen, die zwischen Schwabsoien und Schwabbruck entstanden sind. Ein See wird noch im Jahre 1589 urkundlich erwähnt. Er ist längst verlandet, aber seine Spuren sind noch heute in der Landschaft sichtbar. Das moosige und sumpfige Gelände wird heute noch als Seelache bezeichnet.

Schwabsoien wird erstmals im Jahre 1249 urkundlich erwähnt. Damals hat Volkmar von Kemnat ein Gut in Schwabsoien, das "Riwinesguot", dem Spital in Kaufbeuren geschenkt. Schwabsoien scheint aber eine viel ältere Siedlung zu sein, die in die Zeit der Alemannenbesiedlung zurückgeht. Möglicherweise ist die südliche Komponente dazu Burggen. Da wäre dann ein Dreiklang, Schwabsoien, Burggen, Bernbeuren.... Wichtig für diese Siedelungen war immer das fließende Wasser, denn ohne Wasser gab es kein Überleben.

Im Buch "Geschichte und Denkwürdigkeiten der Stadt Schongau" ist nachzulesen, dass Soyen im Jahre 1086 durch Kaiser Heinrich IV., welcher gegen die Welfen kämpfte, niedergebrannt wurde.

Schwabsoien war vermutlich alter Besitz des Hochstiftes Augsburg, das bis 1785 die Niedergerichtsbarkeit durch das Pflegamt Oberdorf ausgeübt hat, während die Hochgerichtsbarkeit dem bayerischen Landgericht Schongau oblag. Die Landeshoheit gehörte dem Hause Bayern. Seit der Grenzbereinigung zwischen dem Kurfürstentum Bayern und dem Hochstift Augsburg im Jahre 1785 verfügte Bayern über die unumschränkte Landeshoheit. Noch heute befindet sich rechts von der Straße nach Schwabbruck auf der Bergkuppe ein Grenzstein, ein sogenannter "Läufer" aus dieser Zeit.

Bedingt durch die Wasserkraft der Schönach hatte Schwabsoien in der Vergangenheit ein florierendes Gewerbewesen. Am bedeutsamsten waren die vier Großhammerschmieden. Die größte und älteste war die des Eleazar Filser. Die Hammerschmiede ist heute noch zu sehen. Sie befindet sich am Ortsrand von Schwabsoien, direkt neben der Staatstraße welche die Städte Schongau  und Kaufbeuren verbindet. Alle vierzehn Tage hat ein mit sechs bis acht Pferden bespanntes Fuhrwerk eine Ladung Eisen von der Hammerschmiede des Eleazar Filser nach Augsburg transportiert. Das beladene Fuhwerk hatte ein Gewicht von bis zu 6 Tonnen.

Zur Bearbeitung des Eisens war Holzkohle nötig. Diese wurde von Köhlern im nahegelegenen Forst gebrannt und an die Hammerschmieden von Schwabsoien geliefert.

Neben den Hammerschmieden hat die Schönach die Waserräder von Säg- und Mahlmühlen angetrieben.

An Handwerksberufen waren früher ausserdem vertreten:

Bäcker, Metzger, Käser, Schäffler, Kistenmacher, Rechenmacher, Schuster, Zimmerer, Sattler, Wagner, Huf- und Stellenschmiede. Letztere haben neben dem Hufbeschlag der Pferde die vom Wagner angefertigten Fahrgestelle mit Eisenteilen verstärkt und die Holzräder mit Eisenreifen versehen.

Sogar das Kunsthandwerk war vertreten, nämlich ein Goldschmied, welcher vermutlich im ehemaligen Zollhaus in Schwaboien ansässig war.

Die Zollstätte bedarf einer besonderen Erwähnung. Ihre Errichtung fällt in das Jahr 1423. Augsburger Handelsherren wollten den Schongauer Zoll umgehen. Sie haben die durch Schongau führende Rottstraße umgangen, indem sie ihre Warenfuhren über Asch - Denklingen - Dienhausen - Schwabsoien umgeleitet haben. Auf Beschwerde der Stadt Schongau hat Herzog Albrecht der Fromme (Gemahhl der Agnes Bernauer) angeordnet, dass in Schwabsoien eine Zollstätte eingerichtet wird und dass der dort eingehobene Zoll nach Schongau gehört. Die Mautstelle befand sich in dem Anwesen Füssener Straße. 1.  Die Bauart sticht von den übrigen Gebäuden des Ortes ab, es steht heute unter Denkmalschutz.

Bei den Schongauer Hexenprozessen in den Jahren 1589 bis 1592 wurden auch Frauen aus Schwabsoien zum Tode verurteilt. Man hat sie mit dem Schwert enthauptet und die Leichname verbrannt.

Die Pest, eine sehr ansteckende Krankheit, die den Tod zur Folge hatte, hat in den Jahren 1633 und 1634 gewütet.

Ein verheerendes Feuer hat am 6. September des Jahres 1823 den größten Teil des Ortes Schwabsoien binnen gut 2 Stunden zerstört. 53 Wohnhäuser sowie eine Reihe von Handwerksbetrieben sind ebenso wie die Pfarrkirche und das Schulhaus ein Raub der Flammen geworden. Vom Feuer verschont geblieben sind lediglich 23 Wohnhäuser und 4 Nebengebäude.

Schwabsoien war in früheren Zeiten (1866 bis etwa 1925) Poststation auf der Strecke Schongau - Kaufbeuren. Hier wurden die Pferde gewechselt und die Post expediert. An diese Zeit erinnert noch das Gasthaus "Zur Post".

Im 20. Jahrhundert haben die beiden Weltkriege von 1914 bis 1918 und von 1939 bis 1945 Unglück über das Dorf gebracht. Viele Mäner sind dabei ums Leben gekommen.

In der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts wurden einschneidende Reformen auf politischer Ebene vorgenommen. Im Jahre 1972 wurden die bis dahin selbständigen Landkreise Weilheim und Schongau zusammengelegt. Seit dieser Zeit gehört die Gemeinde Schwabsoien zum Landkreis Weilheim-Schongau.

Eine weitere Reform hat auf Gemeindeebene stattgefunden. Im Jahre 1978 wurde die Gemeinde Sachsenried der Gemeinde Schwabsoien angegliedert. Zur selben Zeit wurde die Verwaltungsgemeinschaft Altenstadt gegründet. Dieser gehören die Gemeinden Altenstadt, Hohenfurch, Ingenried, Schwabbruck und Schwabsoien an.

Heute umfasst das Gemeindegebiet von Schwabsoien eine Fläche von 17,03 qkm. Der Ort zäht 1306 Einwohner. In Schwabsoien befindet sich die Grundschule des Schulverbandes Schwabbruck/Schwabsoien. Es besitzt daneben einen zweigruppigen Kindergarten.

Neben dem bereits erwähnten Wasserreichtum ist dem Ort mit dem Sachsenrieder Forst auch Holzreichtum beschert. der Forst umfasst eine Fläche von 4.70 ha.  In den letzten Jahren haben orkanartige Stürme schwere Schäden im Forst angerichtet.

Die Poststelle in Schwabsoien wurde im Jahre 1995 geschlossen.

Schwabsoien gehört dem Regierungsbezirk Oberbayern an und ist Mitglied bei der kommunalen Allianz "Auerbergland".